Selama bertahun-tahun, sejak penubuhannya hingga kini, IMO telah menarik lebih ramai peserta lelaki berbanding peserta wanita. [72] [73] [74] Dalam tempoh 2000–2021, terdapat hanya 1,102 peserta wanita (9.2%) daripada jumlah 11,950 peserta. Jurang itu lebih ketara dari segi pemenang pingat emas IMO; dari 1959 hingga 2021, terdapat 43 pemenang pingat emas wanita dan 1295 lelaki. [75]

Jurang jantina dalam penyertaan dan prestasi di peringkat IMO membawa kepada penubuhan Olimpiad Matematik Perempuan Eropah atau European Girls' Mathematical Olympiad (EGMO). [76]